Certaines espèces animales ne fréquentent le Bassin d’Arcachon que pour une partie seulement de leur cycle biologique. Elles dépendent de zones beaucoup plus étendues dans le Golfe de Gascogne ou encore plus éloignées, parfois situées à des centaines voire des milliers de kilomètres, pour assurer les autres étapes essentielles de leur vie. La fréquentation du Bassin et son ouvert par ces espèces peut répondre à un cycle régulier ou occasionnel, ou ne se produire qu’une fois dans la vie des individus.

Dans le périmètre du Parc naturel marin, il est possible de rencontrer des cétacés (dauphins communs, rorquals) et des pinnipèdes (phoques). Bien qu’un groupe de Grand dauphin ait vécu dans l’intra-bassin jusque dans les années 2000, l’espèce qui semble la plus représentée aujourd’hui est le Marsouin commun. De nature discrète, ce petit cétacé reste surtout dans l’ouvert du Bassin, et au large en hiver, comme l’ont confirmé les études acoustiques MARSAC et LISEA, réalisées respectivement de 2012 à 2014 et de 2015 à 2016.