Un flot de 200 à 400 millions de mètres cubes d’eau emplit le Bassin deux fois par jour en marée montante. Lors de la marée descendante, le courant de jusant s’écoule à raison de 30 000 mètres cubes par seconde. Chaque marée ne renouvelle qu’en partie le  volume d’eau total de la lagune. Le temps complet de renouvellement de cette masse d’eau varie entre 10 et 24 jours.

Le cycle des marées contribue à la richesse des écosystèmes caractéristiques de la lagune et participe à la diversité des activités humaines et des patrimoines qui en dépendent. Plus de 100 km² de vasières et de bancs de sable émergent à chaque marée basse. La mer qui se retire offre alors l’opportunité aux oiseaux limicoles (petits oiseaux de vasières), et aux anatidés (famille des cygnes et des canards) de venir sur l’estran pour se nourrir, d’invertébrés ou encore de petits poissons retenus dans les flaques d’eau.

En marée montante, les courants de marée s'inversent. Toutes les espèces qui étaient jusqu’alors cachées ou enfouies dans le sédiment ressurgissent et profitent du retour de l’eau pour se nourrir des micro-organismes remis en suspension.
 

Les marées jouent également un rôle très important pour la navigation, qu’elle soit professionnelle ou de loisir, car elle conditionne les entrées et sorties des ports d’échouage et rend accessible ou inaccessible les vasières et bancs de sable.