L'action du parc naturel marin s'articule autour des thématiques suivantes : 
- Qualité de l’eau
- Habitats marins et fonctionnalités
- Avifaune
- Faune marine
- Réhabilitation des friches ostréicoles
​​​​​​​- Développement durable des activités maritimes
​​​​​​​- Fréquentation maritime
​​​​​​​- Patrimoines culturels
​​​​​​​- Appui à l’expertise
​​​​​​​- Sensibilisation et mobilisation citoyenne
​​​​​​​- Communication
​​​​​​​- Observation et surveillance