Le plan de gestion du Parc naturel marin porte essentiellement sur la gestion du « bien commun » exceptionnel et partagé du Bassin d’Arcachon avec une attention particulière portée à la préservation des richesses naturelles, à l’hydro-dynamisme particulier du site et au développement durable des activités. La gestion des conflits d’usages, le partage d’une connaissance pluridisciplinaire et la poursuite d’une gouvernance dynamique et transversale sont les autres principales finalités.